Britská nadvláda

Řád Johanitů kapituloval v červnu roku 1798, když se na Maltě vylodila Napoleonova vojska. Napoleon Maltu obsadil při tažení do Egypta a tak se Malta dočkala nového útlaku. Francouzi drancovali města a brali vše cenné. Jejich chování vyústilo v otevřené nepřátelství Malťanů proti okupantům a v osmnáctiměsíční povstání. Od této krátké, ale drastické nadvlády pomohla Maltě až britská armáda.

Porušení Amienského míru

Angličané zpočátku neměli o ovládnutí ostrovů zájem, o čemž svědčí Mírová smlouva z Amiensu, podle které měla Malta připadnout opět Řádu maltézských rytířů. Malťané však toto řešení odmítli a ostrovy zůstaly pod britskou správou až do roku 1814, do podpisu Pařížského míru.

Industrializace

Jak bylo v britských koloniích zvykem, nejvyšším představitelem země se stal generální guvernér. Prvním z nich byl Thomas Maitland, který začal se zaváděním britských zákonů. Malta se stal důležitou britskou vojenskou a námořní základnou, což postupně přineslo růst životní úrovně. Angličtina se postupně začala stávat národním jazykem, rostla vzdělanost a význam Malty pro okolní země. Ze zemědělství byla vytlačena bavlna, začaly se pěstovat brambory, vinná réva a mnohé další. Došlo k výraznému pokroku v systému zavlažování a k industrializaci. V roce 1849 vstupuje v platnost první ústava a postupně Malťané dosahují určitého stupně autonomie.

Malta ve světových válkách

Jako kolonie Velké Británie, sehrála Malta v obou dvou světových válkách významnou roli. Během 1. světové války byla nazvána nemocniční sestrou Středomoří. Ještě významnější postavení měla ve 2. světové válce, protože se stala ostrovem, odkud startovaly bombardéry. Statečně bojovali s Itálií v čele s Mussoninim a s německou Luftwaffe. v dubnu 1942 byl obyvatelům Malty kolektivně udělen Jiřího kříž, který dodnes zdobí státní vlajky a je také státním symbolem.